Atlarda sindirim sistemini genel bir anlatımla ifadeye etmeye çalışacağım. Atlarda sindirim ağızda başlamaktadır. Bu yüzden başlangıç olarak dişlerden başlamak doğru olacaktır. Kesici dişler, bitkilerin ısırılması ve koparılması açısından ayrı bir önem arz etmektedir. Öğütücü dişler adından anlaşılacağı gibi yemin öğütülmesinde rol oynar. Öğütme, sindirim kanalının sonraki adımlarında enzimatik ve mikrobiyal sindirime uğrayacak olan yemin yüzey alanını artırması açısından önemlidir. Atın dişlerinin durumu, yemini alma ve öğütme yeteneğini etkisinden dolayı önemlidir. Öğütücü dişlerin üzerindeki sivri uçlar bir Veteriner Hekim tarafından törpülenebilir. Dişlerde yüzey düzleme olarak söz edile bu işlem, atın yemini uygun biçimde çiğneme yeteneğini çoğu kez iyileştirebilir.
Atlarda sindirim, ağız yolundan sonra mide ile devam eder. Atların midesi cüssesine göre ufaktır. Atlar otlayan hayvanlar olarak evcileşmiştirler. Mideleri 1 ya da 2 büyük öğünden çok, gün boyunca çok sayıda küçük öğün şeklinde yemlemeye uygundur. Midenin işlevleri, çoğunlukla yenilen yemi karıştırmak ve asitleştirmektir. Birkaç birleşik midede sindirilebilir fakat besin maddelerinin çoğu sindirim kanalının daha ileri bölümlerinde sindirilir ve emilir.
Atlarda sindirim, besin madde emilimin çoğu ince ve kalın bağırsaklarda şekillenir. İnce bağırsakta nişasta, protein ve yağın sindirimi, at tarafından üretilen enzimlerin etkisi ile meydana gelir. ince bağırsağında nişasta sindirimi, diğer bazı tek mideli türlerdeki kadar etkin değildir. Eğer at, tahıl taneleri ya da başka nişastaca zengin yemleri aşırı miktarda tüketirse, nişasta sindirimi ve emilimi için ince bağırsağın kapasitesini aşabilir ve nişastanın bir kısmı kalın bağırsağa geçer. Yoğun sindirilmemiş nişasta kalın bağırsağa ulaşırsa bu durum kalın bağırsağın mikrobiyal popülasyonunu olumsuz etkiler ve bu durum sonucunda atlarda kolik, diyare gibi sindirim bozuklukları ve laminitise yol açar.
Atlarda sindirim de kalın bağırsak; sekum, kolon ve rektumdan oluşur. Kalın bağırsak ruminantların rumeninde bulunanlara benzer mikrobiyal popülasyon gösterir. Kalın bağırsakta ki mikrobiyal popülasyon ana işlevi, mera ve kuru ot gibi alınmış at yemlerinde bulunan selülozu sindirmesidir. Atlarda selülozun sindirim her ne kadar ruminantlarda olduğu kadar etkin olmamakla beraber yine de atların beslenmesinde son derece önemlidir. Lif (ham selüloz), başlıca asetat ve propiyonat olan ve daha sonra kalın bağırsak duvarından emilen uçucu yağ asitlerine (UYA) mikroorganizmalar tarafından fermente edilir. Asetat doğrudan doruya enerji olarak ya da yağ sentezi için kullanılabilir. Ayrıca glikoz sentezinde de kullanılabilir. Atlar enerjileri için selülozu kullanabilme yeteneklerinden dolayı, yaşama payı düzeyinde beslenen çoğu at, enerji gereksinimlerini yalnızca kuru ot ve meradan karşılayabilirler. Bu özelliklerinden dolayı atların beslenmesinde büyük avantaj sağlamaktadır. Selüloz, bu yönle atların rasyonların da vazgeçilmezdir. Selülozca düşük olan rasyonlarda mide-bağırsak hastalıklarının görülme oranı artabilmektedir.